地下宫殿是整个陵寝的主要部分，也是全部工程的中心。修陵的步骤，是先搭棚后动工。开工之前，就以万年吉地的“金并坑”(即当初所点之穴)为中心，支搭一座高十三丈、圆径六十丈的大圆席棚。
据说先搭棚后动工，是为了掩蔽日月星三光的照射；也有人说是为了防备空中飞鸟的遗失。搭好了棚之后，仍以金井坑为中心，开始在棚下掘地除土，深达三丈有余，然后铺垫三合土(黏土、沙土、白灰),分层用夯打固二丈，下余丈余砌铺粗渣石。基础完工后，就开始建筑直径六丈的地下宫殿。地下宫殿是根据旧成法和一定的方式，用预制的凿磨细致的汉白玉石块，选用技术最高的工人，在走工人员(技师)指挥监督下砌成的。
地下宫砌好后，就分为内、外两部分施工。外部工程师先在汉白玉石外面砌以粗渣石，再在粗渣石外面用大砖砌成如普通城墙样式的大圆丘(即所谓的“宝城),并砌出高丈许的口，在各垛口下脚都留有向城下流水的沟眼。
宝城上面铺垫约三丈厚的二合土(黏土、沙土),除了用夯打固外，特别选用百数名小儿登城踏，每日早晚二次，每次二小时，一共五日，名之曰“童子夯”。后来经梁鼎芬在宝城上栽了梧桐和翠柏。这是地下宫上面宝城的概况。地宫内部有三个精妙的机关，用于疏通和保护陵寝不受盗墓贼的侵扰：一、“石龛”和“石床”:地宫内部直径六丈，在后缘建有二丈宽的汉白玉石龛，下面是石床。
在石床的当中，有凿透成轱辘钱形状的一块大方石覆盖着“金井”(即当初所点之穴),直通地中，以交流生气。二、“龙须沟”:在石床上面两前角上，各开一个二寸见方的石孔，直通床前下角的孔口。
据说是为了预防万一地内有水从石床上轱辘钱涌出来的时候，就可以从床角上孔道流下石床，不致妨及床上的梓宫。自床下的孔口起，沿着地宫两侧，又凿有由高渐低的小浅沟各一道，顺着地宫隧道直至护陵河。这二道干沟，名“龙须沟”。三、石门：地下宫有一道石门，隧道有三道石门，构造形式和关闭的方法皆相同。
每道门都是二扇用铜包裹门枢，按在铜制的坎上。在门槛的平行线内面汉白玉石铺成的地上，紧挨着石门下角里面，凿有两个约有半个西瓜大小的石坑；对着这两个石坑里边约二尺之地面上，也凿有两个浅坑(仅是两个凹昌),并在这深浅坑中间凿出一道内高外低的浅沟。
另外每扇石门都预制好西瓜大小的石球一个，放于石门里面的浅坑上。当奉安礼成、关闭石门的时候，二扇门并不合缝，中间离有三寸许空隙。
然后用长柄钩从石门缝伸进石门，将浅坑里的石球向外钩拉，这石球就沿着已凿好了小沟滚进了门边的深坑，合了槽，恰好顶住了石门。从此，除非设法破坏，这石门就不能打开了。修建崇陵的同时，在崇陵的东侧一小山谷内，另建有光绪皇帝的珍妃和瑾妃园寝。这两座园寝在地面上仅建有绿琉璃瓦亭和宫门、飨殿在地下虽也建筑了洞穴。
但在地上不建宝城，而各建直径丈二的红色坟墓(即坟头),前面设有石桌、供器和拜台四面围砌红墙，和我们在京郊所常见的公主坟、皇姑坟类似。
